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基因组拼接:
Phrap,Soapdenovo,mira,velvet
转录组拼接:
Cufflinks,Trinity,Oases;
比对软件:
Blast,ABblast,soap,maq,bowtie,bwa
基因结构注释:
Genscan,snap,GlimmerHMM,Augustus,Fgenesh,PASA
基因功能注释:
Interproscan,KEGG,WEGO
重复序列注释:
LTR_FINDER,LTR_STRUC,Piler,Recon,RepeatModeler,RepeatSout,Trf,MISA,RepeatMasker
非编码RNA注释:
Snoscan,tRNAscan-SE,snoGPS

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